Pesantren Selamat Magelang menyelenggarakan pendidikan pesantren secara gratis dengan program terpadu, baik di pesantren pusat maupun di pesantren cabang. Program ini didedikasikan untuk meningkatkan mutu pendidikan nasional seara umum, dan khususnya mutu pendidikan Islam. Sasaran utama program ini adalah golongan masyarakat kurang mampu, marginal, atau mengalami problem sosial tertentu seperti kehancuran rumah tangga dan keluarga.