Pondok Pesantren Selamat Pusat didirikan pada 20 April 2009, oleh Abdurrosyid Ahmad, M. Hum, KH. Mustofa Muhroji, Lc, Dr. Ir. H. M. Zainal Arifin, M. Si.
Sejak awal pendirian sampai dengan tahun 2014, Pondok Pesantren Selamat menempati rumah kontrakan di RT 01 RW 04 Perumaha
n Griya Husada/Depkes, Kramat Utara, Magelang Utara, Kota Magelang. Ada 3 unit rumah yang dikontrak, 1 unit untuk kantor dan kediaman pengasuh, 1 unit untuk pondokan santri putra, dan 1 unit lagi untuk pondokan santri putri. Pondok pesantren berada di lingkungan perumahan modern, adalah di luar kebiasaan. Apalagi sebagai pendatang dan penghuni baru di lingkungan ini, banyak hal yang perlu diadaptasikan, dikondisikan, dan dikompromikan. Alhamdulillah, secara umum masyarakat dapat menerima keberadaan Pondok Pesantren Selamat yang baru ini, bahkan banyak yang berempati dan memberikan simpati serta dukungan dan bantuan. Demikian pula, pengasuh dan para santri aktif mengikuti kegiatan kemasyarakatan yang ada, serta secara proaktif berinisiatif melakukan kegiatan-kegiatan bakti masyarakat sehingga terjadi hubungan positif dan menyatu antara warga masyarakat dengan warga Pondok Pesantren Selamat.
A
wal tahun 2014 merupakan babak baru sejarah Pondok Pesantren Selamat. Pada tahun ini dimulai pembangunan sarana dan prasarana di lokasi tanah yang telah dibeli sebelumnya oleh pengasuh, memanfaatkan material seng bekas dan bambu. Selama 2 tahun berikutnya, para santri membantu tenaga tukang bangunan yang ada, terus-menerus dan kerja keras mewujudkan bangunan-bangunan sederhana yang secepatnya harus selesai karena kebutuhan yang mendesak. Memang, 3 unit rumah yang dikontrak sebelumnya, oleh pemiliknya tidak diijinkan diperpanjang lagi dan warga pesantren harus segera mengosongkan semuanya. Keadaan tersebut mengharuskan pengasuh dan para santri bekerja siang dan malam. Alhamdulillah, dengan pertolongan Allah dan uluran bantuan dari beberapa orang yang turut merasakan keadaan keprihatinan yang dialami warga pesantren, selama 2 tahun kerja keras berhasil didirikan beberapa bangunan sederhana yang cukup untuk tempat tinggal pondokan dan sarana kegiatan pendidikan.
Pada akhir tahun 2016 nafas warga pesantren menjadi lebih lega dan mulai mengarahkan fokus pada peningkatan mutu pendidikan dan kapasitas kelembagaan.