Sementara ini, Pesantren Selamat Magelang menyelenggarakan program pendidikan kurikulum nasional melalui Program Wajib Belajar Pendidikan Dasar (Wajardikdas) Pondok Pesantren Salafiyah di bawah binaan Kantor Kementerian Agama Kota Magelang, dan Program Pendidikan Kesetaraan (Paket) C, serta Perguruan Tinggi yang bekerja sama dengan Perguruan Tinggi Negeri (PTN) maupun Perguruan Tinggi Swasta (PTS) di dalam negeri dan di luar negeri. Program ini juga terintegrasi secara sistematis dengan program-program pendidikan lainnya.