Pondok Pesantren ini semula tanpa nama. Adalah Kyai Mahfud Tamam dan Nyai Anis, sepasang suami-istri yang masih muda dan baru memiliki anak satu yang masih kecil (Kaisa: ± umur 1 tahun), dititipi beberapa anak laki-laki dari tetangga untuk mondok di rumah kediamannya yang terdiri dari los beberapa kamar. Sejatinya, rumah itu adalah milik keluarga Bapak H. Suharto yang akan difungsikan untuk garasi mobil dan kos-kosan. Namun kemudian, oleh pemiliknya tersebut rumah itu dipersilakan untuk ditempati keluarga muda Kyai Mahfud Tamam. Rumah itu terletak di Kampung Dekil, Kelurahan Kedungsari, Kecamatan Magelang Utara, Kota Magelang.
Kyai Mahfud Tamam dan istrinya, kedua-duanya adalah santri alumni Pondok Pesantren Al-Hidayah Demesan-Tempuran, satu almamater dengan Nyai Siti Musringah (pengasuh Pondok Pesantren Selamat-Nailul Muna). Nyai Siti Musringah dan Nyai Anis, kedua-dunya adalah hafidzoh al-Qur’an. Kyai Mahfudz Tamam berasal dari Pakis-Magelang, sedangkan istrinya berasal dari Sukorejo-Kendal. Keberadaan Kyai Mahfud Tamam dan istri di Kampung Dekil tersebut, karena permintaan dan kebutuhan sebagian anggota masyarakat untuk menjadi guru agama di Masjid Daruttaqwa Dekil dan ikut memakmurkan masjid. Bapak H. Suharto dan istrinya kemudian merelakan rumahnya tersebut untuk ditempati bersama anak-anak yang ingin mondok. Ada 6 anak laki-laki yang mondok, tetapi berangsur-angsur tinggal hanya 1 anak yang masih bertahan.
Seiring waktu, keluarga Kyai Mahfudz Tamam menjadi bagian dari keluarga besar Pondok Pesantren Selamat. Dengan mempertimbangkan potensi pengasuh serta lingkungan, Pembina Pondok Pesantren Selamat (Abdurrosyid Ahmad) bertekad membuka dan meresmikan pondokan di tempat Kyai Mahfudz Tamam menjadi Pondok Pesntren Selamat-Darul Hidayah, dengan mengajak keterlibatan langsung warga masyarakat. Kata “Darul” mengambil sebagian dari nama masjid “Daruttaqwa” dan kata “al-Hidaya” mengambil nama pondok pesantren almamater pengasuhnya, yaitu Pondok Pesantren Al-Hidayah Demesan-Tempuran. Pada tanggal 22 Dzul Qo’dah 1437 / 25 Agustus 2016, pondok pesantren tersebut dibuka secara resmi dengan mengadakan kegiatan pengajian akbar dan kampanye program nasional gerakan “Ayo Mondok, Pesantrenku Keren”. 
Pesantren ini diprogram khusus sebagai pesantren pelajar, yaitu pesantren yang dikhususkan untuk para pelajar sekolah. Sambil berproses, ditempatkanlah 4 anak santri putri Pondok Pesantren Selamat sebagai bibit santri yang bertugas khusus untuk menghafal al-Qur’an.