Pesantren Selamat Magelang menyelenggarakan program pendidikan kitab kuning dengan mengembangkan metode praktek membaca, memahami, dan penerapan atau pelaksanaannya dalam kehidupan sehari-hari. Untuk membaca kitab kuning, Pesantren Selamat telah menciptakan metode khusus untuk memahami kaedah-kaedah bahasa Arab dan mempraktekkannya secara cepat, sehingga santri dapat mengakses kitab kuning secara mandiri dalam waktu yang tidak lama ( 2 tahun ). Program ini juga secara sistematis terpadu dengan program-program pendidikan lainnya.